Trường Phổ thông Năng Khiếu có cơ sở chính nằm ở khu vực Quận 5, cơ sở 2 phân hiệu Đông Hòa ở phường Linh Trung, Thủ Đức vào hoạt động. Cơ sở 2 này bắt đầu tuyển sinh từ năm 2014.